皇帝大婚后的几天内，都是在坤宁宫过夜的。
大凡初当新郎倌的人，开头一些日子，都是等不得天黑，等到天黑了急不可待宽衣上床，又恨天亮得太早。痴男怨女、干柴烈火，一晚上不捣腾几次，那还叫什么如胶似漆琴瑟和谐？朱翊钧虽然贵为大明天子，但七情六欲却与常人无异。
多在坤宁宫过夜也有利于政治的稳定。大明天子以国为家，以天下为家，因此家事就成了国事、天下事。皇帝与皇后感情和睦，后宫就会少一些争宠的觊觎之心，朝堂也会少一些流言蜚语。
皇帝与皇后的蜜月生活被糟心的国事打破了。作为礼部尚书的袁可立巡视了为泰昌皇帝所建的庆陵归朝，他又向天子报告一件贪腐大案。
庆陵原本不是为明光宗朱常洛所建。庆陵原为明代宗景泰帝朱祁钰为自己修建的陵墓，景泰皇帝朱祁钰是明宣宗的儿子，明英宗的弟弟。土木之变后，明英宗被俘，弟弟朱祁钰监国，后被立为皇帝，年号景泰。尊英宗为太上皇，一年之后，英宗被放回，闲居南宫。景泰八年，景泰皇帝得了一场大病。武清侯石亨等人趁机发动夺门之变，将景泰帝软禁在西内，重新立英宗为帝。不久，景泰帝忧愤而死。英宗废朱祁钰为王，同时将景泰帝在天寿山已经开始施工的陵寝废弃，把景泰帝按亲王的规格葬在了北京西山，未入十三陵。
由于明光宗朱常洛死的突然，加之国力空虚，明光宗的父亲明神宗尚未下葬，更无暇来为自己建陵。于是，建陵的时候也来不及选吉壤、卜寿陵，只得采用了景泰帝的寿陵陵址，把已经被废弃了一百六十多年的明代宗朱祁钰的陵被重新改建，这就是今天的庆陵。
袁可立一到庆陵就觉得有点不太对劲，在他眼中，庆陵的修造工程应该花不了一百万两白银。连着十天的明察暗访，他查到有拖欠民夫工钱的事，整个大账也有问题，有二十万两的亏空。
这件事汇报给皇帝，朱由校立刻派锦衣卫详查此事。还真就让袁可立说着了，负责修盖庆陵的太监黄用贪污了皇帝的二十五万两帑银。
“反了，在朕的眼皮底下，这帮奴才都他妈反了。”
皇帝在乾清宫中来回踱步、大喊大叫，朱由校真的气炸了。听到内廷公款贪污的消息，朱由校震怒是因为贪污的对象离他太近了，这等于是在天子眼皮底子下做手脚。
朱由校不知道：凡有国家兴作，主持者无不大肆贪污中饱，这是明朝的惯例了。除了工程的直接主管者之外，上级主管和具体工作的工匠以及各类有关人员都能不同程度的分肥。不只有内府太监的侵吞，工部之吏也扣除了不少银两。
除此之外还有匠头的破冒，根据锦衣卫的调查，有一个叫洪仁的匠头，也是大贪污分子。在万历年间，乾清宫修一个窗户花了五千两银子，负责人就是洪仁。
其实一扇窗户哪里会这么贵，只是国家的款项都被这帮子硕鼠侵吞了。洪仁依靠着皇室的大兴土木，在不到二十年的时间里，就在京城外修了一座花园豪宅，壮丽恢弘，比勋贵的宅邸还要好。里面管园的苍头与司责洒扫者达到数十人。他的儿子也通过捐钱而成为监生，也坐上了四人围轿，头戴忠靖冠，身穿斗牛衣，在街上前驱呵斥，甚是威风。
朱由校也能猜到像这样的大工程多多少少有点贪污，可是贪污的程度远超他的想象，真是什么人都信不过了。
锦衣卫理清了庆陵贪污案的人员，报告给皇帝。光是抄家就抄了二十多万两，皇帝下令将所有贪污涉案人员都处以死刑。自从朱由校上台以后，京城的刽子手一直是生意兴隆啊。
倒霉的不仅是这些太监、吏员、匠人，还有皇帝的亲信——秉笔太监刘时敏。
皇帝当初要刘时敏监督庆陵修造，但是刘时敏自己从没去过庆陵工地现场，他根本就不知道具体情况。不管怎么解释，刘公公都有办事不力的罪过，他被皇帝关到诏狱，等待受审。
这个时候刘时敏的性命就只在皇帝一念之间了。这时候，魏进忠在圣上面前一直为刘时敏说好话。
根据调查情况，刘时敏并未受贿，最终皇帝还是原谅了他。刘时敏回来以后，才知道是魏进忠帮他逃过一劫。
过了几日，魏进忠派他的义子李良钦来请刘时敏去他那里做客。
“魏公公，真是多谢你搭救小弟。”刘时敏刚进魏进忠的家门，就跟魏进忠道谢。
“刘公公，你这是哪里的话，咱老魏落难的时候，你不是也搭救咱了吗！”魏进忠准备一桌酒席，拉着刘时敏坐下，他端起酒杯说道：“刘公公，你要是不嫌弃我老魏没读过书，咱们互称兄弟如何。”
“好，那我刘时敏就称您为魏哥，你就叫我刘弟如何。”
“好的，刘弟，来吃菜，这是我最拿手的厨艺。”
说到这里，刘时敏没吃菜，而是把上次搭救魏进忠索要的那块玉佩从怀里掏了出来，他诚恳地说道：“魏哥，上次我跟李良钦要了一块玉佩，仔细想想，是我做得不对。我现在还给你。”
“不用，不用，刘弟喜欢就留着，我是个大老粗，没文化，这样好的玉佩在我手里算糟蹋了。”魏进忠把玉佩推回到刘时敏手中。
刘时敏一时语塞，他偷偷觑了魏进忠一眼，心里头更是突突地打鼓。只见魏公公春风拂面，谦逊有加。
“刘弟，你知道，咱们都是皇上的奴才，皇上安排做的事情，我们必须做好。魏哥犯过的错误，你怎么还重复犯呢？”
“是啊，魏哥的话让小弟汗颜。”
“咱们平常一起服侍万岁爷的生活起居。真正碰到较劲儿的大事，立时间，那份感情就塞满心窝子。你想想，你落入危险时，我老魏能见死不救吗？”
“魏哥真是讲义气的人，如果魏哥能识文断字的话，我定向万岁爷推荐魏哥入司礼监！”
“哎那就不必了，司礼监干得都是治国的大事。让我魏进忠把一头羊拆零打散，做出几十道菜来，哪样该烩，哪样该爆，哪样该卤，哪样该炖，我眼到手到，保证不出一点差错。可是真要我每天见到那成堆的奏折，就像见到一堆烂白菜，别提心里头多腻味，偏内庭外庭为了这些折子，每天扯死扯活的，鸡眼瞪成驴眼。想起来也真是没啥意思。老实说了吧，司礼监的那颗印，在我看来，真的不如尚膳监的一把锅铲。熘一道菜出来，你还能喝二两老酒。一颗印盖下去，却不知要遭多少人忌恨，这是何苦呢？”
“魏哥高见，小弟佩服，司礼监还真就是干糟心的活。”
两人说完哈哈大笑，从此成了要好朋友。
内廷的风波稍稍有些停息，外朝大臣作出了更多的政绩。礼部尚书袁可立几次立功都得了皇帝的赞赏。孙承宗也对京营进行彻头彻尾的大改革。应当说，皇帝的支持占更大贡献的。
永乐皇帝定都北京后，钦定百官依职掌权力划分，共有九大衙门，九小衙门。九大衙门是吏户礼兵刑工六部加上都察院、通政司和大理寺；九小衙门依次是詹事府、太常寺、太仆寺、光禄寺、鸿胪寺、翰林院、国子监、尚宝司和苑马寺。
九大衙门的掌印者，习惯上称为大九卿。九小衙门的主管，俗称小九卿。这十八衙门组成了一个完整的中央政府管理机构。所谓内阁首辅，自孝宗时代起，实际上就是代表皇上，通过这十八个衙门行使管理国家的权力。
多年来京城官场中就流传着四句顺口溜：“大九卿有大九九，小九卿有小九九，十八衙门朝南开，堂官跟着首辅走。”短短二十八字可谓绝妙地道出了官场痼疾。
孙承宗当上内阁首辅之初，就曾暗下决心，一定要根除积弊。所有大臣忠忱于皇上，听命于政府，本是臣道职守无可厚非，但不能容忍的是大臣们都有自己的小算盘，这样势必会造成结党营私，怙权售利的混乱局面。长此下去，不仅仅皇上的威福只是一句空话，就是天下黎民百姓举头祈盼的国家昌隆的盛世也只是镜花水月而已……
如今，皇帝几次大的人事调整，为孙承宗扫除做事的障碍。孙承宗严查京营的训练情况，以及京师军屯的开垦情况。今年春天，他招募了大量乡村的青壮年入伍当兵。
按照皇帝的建议，孙承宗组织了几只锣鼓队，欢迎新入伍的士卒。这样有利于新兵更好地融入军营。
经过孙承宗的督促，京营兵不离将，将不离帅，乱哄哄的情况彻底改善。孙承宗派清廉的干臣核定粮饷开支，核查器甲营造。布告：凡冒领者斩。规矩官员：禁馈赠、绝宴会、罢供帐、却邮马、省参谒。于是，军营衙门凛如寒霜，酒肉饭桶不见了。
