乾隆三十八年正月，当阿桂攻打当噶尔拉山时，福康安持印而至，于是阿桂留福康安佐其领兵作战。次年二月，清军攻喇穆喇穆，福康安则督兵攻克其西各碉堡，又与领队海兰察合军，乘胜攻下罗博瓦山，并北攻得斯东寨。一天夜晚，土司之兵乘雪雾迷蒙，夜色笼罩，偷偷登山，袭击副将军常禄保驻扎营地，福康安听到告急枪声，立即督兵赴援，击退了土司的进攻，受到乾隆帝嘉许。五月，驻扎在山麓上的土司又借着雨天的掩护，筑起两座碉堡，福康安率八百士卒，夜间冒雨攻打碉堡，入碉中袭杀数人后毁其碉。乾隆嘉许他“壮军威、破贼胆”的行为，特旨褒奖。
乾隆四十年四月，乾隆帝鉴于福康安为西路得力之人，赴宜作战尤为出力，授为内大臣。五月，福康安克荣噶尔博山，进至第七峰，又赏嘉勇巴图鲁号，以后即以“嘉勇”二字为封爵佳号，重叠使用。福康安逐一克服多种碉垒营寨，到八月中秋夜，清军分兵自西北攻入勒乌围土司营寨，索诺木逃走。到乾隆四十一年正月，俘获索诺木及其家人．大小金川遂平，清朝在此建懋功厅。
平定大小金川之后，清廷论功行赏，封福康安为三等嘉勇男。福康安原袭之云骑尉，由其兄福隆安次子丰绅果尔敏袭。西征军返京之日，乾隆亲往京城南郊行郊劳礼，赐给福康安御用鞍辔马一匹，御紫光阁饮晏，赐给缎十二端，白银五百两，并于紫光阁绘像，列前五十名功臣中。于是由户部右侍郎转为左侍郎。同年四月，擢为镶白旗蒙古都统，七月，赏戴双眼花翎。九月，再调正白旗满洲都统，十月，赐紫禁城骑马。
由于福康安在大小金川之役中与士卒艰苦作战，克敌制胜，初步展示了他的军事才能，得到了重视武功的乾隆帝的赏识，于是一再提拔使用。乾隆四十二年，福康安被授予吉林将军之职，次年调任盛京将军。
乾隆四十五年，被授为云贵总督，成为总领一方军政的封疆大吏。在云贵期间，福康安主张铜厂立法宜详，用人尤要应实，提出在云南多开采铜矿，使铜的产量增加，受到朝廷嘉奖。乾隆四十六年八月，福康安又调任四川总督兼署成都将军。川陕之地向来为清朝视作军事重地，十分重视其总督及巡抚的人选，一般均以满洲重臣充任，福康安任为川督后，受命严缉“咽匪”。
乾隆四十七年五月，福康安奏蜀中“匪徒”已戢。八月，福康安即擢为御前大臣，加太子太保，次年命来京署工部尚书，五月，又授为总管銮仪卫大臣、阅兵大臣、总管健锐营事务。乾隆四十九年三月，福康安再擢而为兵部尚书、总管内务府大臣。福康安因其军功，受到乾隆的宠信和重用，不断加官晋职，成为声名显赫的朝廷重臣。
甘肃的回族事件继发于撒拉族民变之后，由田五等人团结固原州、通渭一带回民，在甘肃通渭北六十里的石峰堡修筑营寨，于乾隆四十九年四月在盐茶厅小山地方起事，并向西北进军，但攻靖远、会宁不下，田五又于作战中死亡，遂折向东南，与通渭的回民一道攻通渭城。西安副都统明善率军与回军交战，清军陷入埋伏圈，全军千余人均覆没，明善亦毙命。在紧急形势之下，清廷急忙重瓤组织兵力，命福康安带钦差大臣关防，驰驿以赴甘肃镇压民变，并授参赞大臣，会同将军阿桂共同任事，又任命福康安为陕甘总督。
乾隆四十九年六月，福康安统兵赴隆德，进攻静宁底店，斩杀数千，攻破石峰堡，生擒张文庆等。福康安因此晋封为嘉勇侯。鉴于甘肃一带回民习武成风，而从文应试者很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏皇帝，提出“教导回民”的善后事务，清朝在循化厅设学校，以资训迪，得到乾隆帝的赞许，学校之设，在福康安是为了驯化民众，利于统治，而对边远地区的文化教育之事必定会产生实际效用。
乾隆五十年七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到乾隆帝倚重，并被授予了相当重要的权力。
在甘肃发生回民事件之后，东南的台湾又爆发了林爽文起义，以天地会的教义相号召，形成了强大的势力。起义者在林爽文领导下，于乾隆五十一年与清军展开激战，连克数县。清廷命闽浙总督常青为将军前往台湾府镇压民变，两相接触，农民军处于主动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。
由于常青镇压不力，乾隆又在五十二年七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。十一月，福康安一行渡鹿仔港，登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围中出而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围。
同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。终于在乾隆五十三年正月，于老衙崎俘获林爽文。
前此诸罗被围之际，福州将军恒瑞在盐水港观望迁延，拥兵不救，请朝廷另派援兵。乾隆知情后遂命福康安弹劾恒瑞，问其妄请添兵，摇惑军心之罪，但福康安并未问及此事，而且在奏疏中为恒瑞多方开脱，称他打仗奋勉，仍请将恒瑞留于军营。
乾隆五十三年正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。林爽文起义失败以后，福康安于乾隆五十三年二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。清廷命于台湾郡城及嘉义县为他各建生祠塑像，在紫光阁绘二十功臣图像。当年，福康安即调任闽浙总督。
乾隆五十四年正月，因越南滋扰广西边境，乾隆又将他调任两广总督。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳参奏湖北按察使李天培，用湖广粮船私运木材，由此讯得福康安捎信索购一事，乾隆严旨令福康安自劾，罚其三年的总督养廉银，加罚公俸十年，革职留任，但马上即减免。可见和珅、和琳兄弟与福康安居对立之势，乾隆帝对此自有处理办法，使这一文一武之臣都在宠渥之中。
乾隆五十三年，廓尔喀以西藏当局征收贸易税太重为由，派兵入侵西藏边境。乾隆五十六年，廓尔喀又再次兴兵，直犯班禅额尔德尼驻锡的日喀则，而驻藏大臣保泰临阵退缩，竟想把达赖和班禅移至青海。清廷闻报，即派福康安为将军，与参赞海兰察、奎林率巴图鲁侍卫入藏，迎击入侵的廓尔喀。九月二十九日，福康安自京启程，由山西、青海一路驰驿赴藏。翌年正月初三到达青藏边界，正月二十日抵拉萨。从西宁至拉萨，全程四千六百里，途中步行六十天。
福康安抵藏后，乾隆帝命他迅速出兵作战，不使廓尔喀军队有喘息之机，以尽快收复失地。福康安在各路人马到齐后，即行进剿。乾隆五十七年四月二十七日，福康安由今西藏南部边境的第哩浪古进兵，五月六日行至擦木附近，福康安乘夜色潜兵进攻，兵分五队，两路深入敌寨左右山梁堵截；二十八日，终于攻克防守坚固的碉寨，夺取了擦木。
攻下擦木之后，福康安所部军队直趋济咙。五月十日，福康安分兵出击，成功地占领济咙的廓尔喀军寨子，收复了济咙。至此，清军廓清了自擦木至济咙边境的廓尔喀军。
乾隆五十七年五月十三日，福康安又率军由济咙出发，沿路攻打敌寨，直抵距阳布一百余里的雍雅。廓尔喀举国震惊，因此乞降。福康安至热索桥以后，以为抵阳布必将“势如破竹，旦夕可奏功，甚骄满，拥肩舆挥羽扇以战”，自比诸葛亮，于是士兵也产生懈怠思想，廓尔喀军趁机而入，因此清军也伤亡惨重。廓尔喀国王表示退回在扎什伦布寺劫掠的财物，今后再不侵犯西藏。这次入藏征讨廓尔喀的胜利，保证了清朝边境的安宁和西藏社会的稳定，成功地维护了清朝国家的领土完整。
乾隆帝对征廓尔喀之役的主要统帅福康安亦倍加赞赏，于是实授为武英殿大学士，加封忠锐嘉勇公，福康安被列为首功之人。在乾隆五十七年十一月又将福康安授为领侍卫内大臣，并照王公名下亲军校之例，赏给六品顶带蓝翎三缺，令福康安于其得力家人中，酌量给戴，以示宠异。
乾隆五十七年七月，清政府为了加强对西藏地区的管理，命福康安会同八世达赖、七世班禅等西藏宗教首领共同筹议办理西藏善后事宜，双方经过会商，共提出一百零二项条款。次年正月，经清政府修订为二十九条，即《钦定藏内善后章程》，改革并充实了多项方针，加强了驻藏大臣的职权和地位。
乾隆六十年二三月间，清政府调遣云贵总督福康安、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力十余万人，分路镇压。八月，聚集在平陇的起义军推吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军。福康安、和琳采用剿抚并用的措施。九月，吴半生被俘获。十二月，吴八月被俘。初战告捷，乾隆帝破格封福康安为贝子，他是第一个宗室之外，活着被封为如此显爵的人。
由于长途跋涉和紧张作战，福康安病倒在军中，但他仍继续督战，终因积劳成疾，于嘉庆元年五月，病逝军中。同年六月，石三保被诱至坳溪被俘。起义领袖相继遇害，起义军开始失利。九月，额勒登保代替先后病死军中的福康安与和琳为统帅，调集重兵围攻起义军，至十二月，起义军的最后据点石隆寨失陷，石柳邓战死于贵鱼坡，苗疆至此平定。乾隆帝万分悲痛，追封福康安为嘉勇郡王，配享太庙，并建立专祠以致祭。
